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网络药理学揭示草酸钙肾结石氧化应激和炎症损伤机制

发布时间:2024-08-02
草酸钙(CaOx)肾结石是泌尿操作体统里常見的消化道疾病产品之一。肾阻止中CaOx氯化钠晶体过饱和状态堆积会引致肾小管肿瘤细胞影响和凋亡,会造成引致肾结石的造成。短链油脂酸由肠腔内水解酸化池革兰氏阴性菌面团发酵饮食人造纤维所产生,不在局部性肠腔防线中推动目的,可是在操作体统总体水平上也推动要素目的。各举,丁酸是最高的短链油脂酸,有免疫抗体促使和免疫抗体促使目的,本一起探讨一起探讨丁酸对CaOx肾结石的目的名词解释潜在的靶点。

围绕草酸钙肾结石相关机制研究,华山医院口腔科泌尿整形科吴忠院士、周子健医生于今年5月在Chem Biol Interact发表了相关成果,7月4日该团队又有一篇新作发表。吴忠专家教授、周子健医学博士在Food and Chemical Toxicology(IF=4.3)上发表题为“Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9”的研究文章。研究人员发现丁酸在体外和体内均能抑制CaOx肾结石模型的氧化应激和炎症损伤,并利用网络药理学预测发现CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的靶基因,最后通过细胞实验证实CYP2C9在草酸诱导的HK-2细胞损伤模型中的作用。拜谱生物工程与吴忠教授、周子健博士团队再次合作,提供了网上药学学售后服务,助力预测CYP2C9是丁酸影响CaOx肾结石的潜在靶点,为丁酸预防CaOx肾结石产生的临床应用奠定理论基础。

文章内容命名:Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9(Food Chem Toxicol.,IF=4.3,2023.07) 老客户计量单位:华山青岛博士整形医院医院 设计物体:大鼠、HK-2生殖细胞 分成小组信息内容:比对组(Con)、绘图组(Model)和丁酸钠组(NaB) 拜谱能提供技術:网洛药理学学的检测

设想工艺流程

实验成果

科学学习工人先是在校园营销推广活动的环节之中所构建大鼠绘图,顺利通过生活血生化的指标和组织化疾病学着色等科学学习机制遇到丁酸能能下降CaOx绘图大鼠肾CaOx单晶体的变成和板材损害,调理CaOx绘图大鼠的发炎板材损害和硫化材料的过于表示。然而,丁酸还可调节草酸成脂的HK-2受损组织细胞板材损害、硫化应激状态和受损组织细胞凋亡。 为探求丁酸型式和靶表观遗传网路,学习人士从PubChem取得丁酸和丁酸酯的二维和3D型式(图1A)。对其进行PharmMapper数值库和Uniprot数值库解决后共建立出1115个丁酸靶表观遗传供进一点具体定性解析。将表观遗传所有导出来STRING数值库,对其进行PPI网路具体定性解析。Cytoscape得出了排列的前20的核心区靶表观遗传的详细完整网路图,还包括CYP2C9、CASP3、MAPK14、ALB、HRAS、ABL、RARA、RARG、RXRB、PRKACA、NOS3、SRC、MMP9、KDR、HSP90AA1、HPGDS、GSTA3、GSTA1、GSR和GSTM2(图1B)。他们核心区表观遗传与网路中的许多表观遗传均表演出必要的关与系性,说明怎么写他们表观遗传将会更好地利用着协同作战做用。GO和KEGG具体定性解析具体分析了丁酸核心区表观遗传的关与系路经和海洋动物功能键(图1C)。核心区表观遗传关键与类固醇缴素类对答、氧化物生理反响应激性状态对答、动物氧神经细胞对类固醇缴素类热血的生理反响及及对咸性化学材料材料的生理反响关与。上述情况所写,他们核心区表观遗传关键进行了氧化物生理反响应激性状态和对动物氧的海洋动物生理反响历程,是肾结石达成机能中至关关键的路经,这体现了丁酸将会在肾结石中更好地利用关键做用。

图1| 丁酸空间结构与靶dna无线网络进行分析(图源:Zijian Zhou., et al., Food Chem Toxicol.

为进步找寻丁酸对CaOx肾结石事实上切靶染色体,探究定性分析成员采取GEO的数据文件库对GSE73680中正常比对与CaOx肾结石病员的染色体距离采取了探究定性分析。比对组与CaOx结石病员的特殊性距离理解染色体(DEGs)肿瘤筛查原则为P < 0.05、|log2(FC)| > 1。共选择到3783个染色体突发特殊变化无常,这之中3379个(89.4%)染色体理解上涨,404个(10.6%)染色体理解上涨(图2A)。对DEGs采取聚类算法定性分析定性分析,热图提示了前10个被选中DEGs的二维分块聚类算法定性分析特殊性(图2B)。随后不久,探究定性分析成员确认GeneCards的数据文件库人工服务司法鉴定了370个有机会与CaOx肾结石相应的染色体,排明前20位的分折染色体十分相应性评判如图是2C表达。要找出丁酸治疗方法CaOx肾结石的重要性靶点,探究定性分析成员将PharmMapper中的丁酸靶点、GEO中的DEGs和GeneCards中的CaOx肾结石相应染色体外理能够一个多个Venn图。决定性,CYP2C9被断定为丁酸决定CaOx肾结石的暗藏靶点(图2D)。除此之外,探究定性分析成员还采取了丁酸与CYP2C9的原子核嫁接,CYP2C9的这三个氨基酸等残基ASN-474、LYS-48和GLY-46与丁酸共同使用,氢键能为4.2 kcal/mol(图2E)。 在巧用网临床药理学估计CYP2C9是丁酸应响CaOx肾结石的靶基因组后,调查拜谱生物还确认神经元实践证明了CYP2C9可降底草酸诱惑的HK-2神经元的ROS水平方向、疾病伤到和凋亡。

图2| 大部分据库携手探讨預测CYP2C9是丁酸用处于CaOx肾结石的靶什么是基因

研发结果显示

本学习一开始看到丁酸在身上和身上均能调控CaOx肾结石模板的阳极氧化的应激状态状态和宫颈发炎作用,其次完成无线手机网络药学学建立取到丁酸作用CaOx肾结石的内在的靶点——CYP2C9,后完成細胞实验操作声明CYP2C9在草酸盐分析的HK-2細胞ROS品质、宫颈发炎作用和凋亡。此类看到反映丁酸会完成调控CYP2C9来调控CaOx肾结石的阳极氧化的应激状态状态,减少宫颈发炎作用。此的时候中拜谱菌物提拱了无线手机网络药学学枝术功能,前者拜谱菌物可提升 完美成熟的的基因遗传组学、蛋白酶质组学、基础代谢组学等几组学企业产品及枝术功能,邀请拨打询问! 符合专著:Zhou Z, Zhou X, Zhang Y, Yang Y, Wang L, Wu Z. Butyric acid inhibits oxidative stress and inflammation injury in calcium oxalate nephrolithiasis by targeting CYP2C9. Food Chem Toxicol. 2023 Aug. doi: 10.1016/j.fct.2023.113925.
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