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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出很广的生物技术亲水性，主要包括抗淋巴肿瘤和抗虫毒功能。大多数，三萜是能够甲羟戊酸手段炼制的，并从当然绿植和病菌中截取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上投稿了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析参考文献。该探析发觉三萜类单质野生灵芝粉酸（GA）是可以通过药液训练的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物转变带来的。可以通过转录组和核苷酸质组学技術进两步探究无柄野生灵芝粉菌丝体中DHT带来两者野生灵芝粉酸（GA）的规则，并依据多个学技術测量到的对比分析性dna和对比分析性核苷酸，推断出DHT 怪物自动合成 GA 的前提条件。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和功效种类

凭借对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体对其进行转录组测序共得以67230个转录本和1429七个单什么是表观遗传遗传。在某些单什么是表观遗传遗传中，49二个被鉴定会为不一致性呈现什么是表观遗传遗传（DEGs），里面213个呈现调整，279个呈现调低（图1A）。GO含有讲解后，DEGs以分成生物体工作（BP）、体组织组分（CC）和碳原子功能表（MF）3类。在BP类型中，有了前四个子类型：抗生素类转化新陈分解工作，醋酸钠盐新陈分解工作和甲酸盐新陈分解工作;而在CC类型中，体组织外区、突触复合材料体、突触组成是前四个亚类。对于那些MF类型，甲酸脱氢酶（NAD）灵亲水性、防氧化重现酶灵亲水性和酸氨（或酰胺）衔接酶灵亲水性是前四个亚类型（图1B）。在DEGs的KEGG通道讲解中，前30条含有度极限的通道有27条应属于新陈分解，里面丁烷新陈分解、乙醛酸盐和二羧酸盐新陈分解、丙酸盐新陈分解数据信号通道有效含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和功用分为

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

按照对无柄灵芝粉细菌菌丝体实现淀粉酶质组学深入解析，总计有判断了16,457种特点肽、2606种淀粉酶质和2588种一定量淀粉酶质。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的需求水平下，在此2606种淀粉酶质中，94种被检测为不同之处抒发爱淀粉酶（DEPs），表中52种上涨，42种变动（图2A），图2C表现了不同之处抒发爱淀粉酶的聚类算法深入解析热图。从GO深入解析分折，BP类目表现，绝大部分数DEPs参加醋酸钠盐基础新陈分泌的工作、消炎药化解基础新陈分泌的工作和药物剂量化解基础新陈分泌的工作。CC类DEPs在内部膜外区、过被钝化物质酶体和微体中占身材比例很高，被钝化修复酶吸附性和甲酸脱氢酶（NAD）吸附性在MF类中DEPs的身材比例很高（图2B）。与转录组毕竟相同，KEGG环路深入解析表现，成千上万DEPs在基础新陈分泌中含有，表中3条最含有的路径是光合动物技术中的碳确定、碳基础新陈分泌和MAPK无线信号环路（图2D）。不仅，按照深入解析GO数据显示库的CC对DEPs实现亚内部膜定位手机深入解析和引用（图2E），DEPs最主要是分布范围在内部膜质（40.66%）、内部膜膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基本原理上是GAs动物技术合成视频的最主要是具体位置。

图2|核苷酸质组的一定量深入分析和用途认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为食物有效的转化和比对组得票率DEGs和DEPs创作了维恩图，有20个的差异展示出来什么是什么是基因遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组公有的DEGs/DEPs开展聚类算法介绍，遇到mRNA和淀粉酶质期间有18个调涨什么是什么是基因遗传和8个调整什么是什么是基因遗传，DEGs与他泰语翻译的DEPs展示出来水准呈正有关系，应用场景Pearson的有关系常数介绍，在转录组和淀粉酶质组期间论文检测到相比较较高的有关系性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检则导致出现，E组和C组15个DEGs的形容技术水平地域差异偏态，在这当中9个为调涨DEGs，2为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的形容变化趋势与转录混合物析导致保持一致。

图3|淀粉酶质组的按量浅析和基本功能认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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